De tweede Broekermolen is een zeer waarschijnlijk in 1631 gebouwde achtkante buitenkruier. Hij bemaalde met nog vier molens de ca. 1805 hectare grote polder Uitgeester- en Heemskerkerbroek op de Schermerboezem. De polder Uitgeester- en Heemskerkerbroek omvat een groot deel van het gebied, dat is gelegen tussen de duinen en de vroegere Krommenije, de voormalige verbinding tussen het Alkmaardermeer en het IJ.

De eerste molens kwamen in 1586 gereed en werden gebouwd aan de Lagedijk te Uitgeest. Het waren de buitendijks gelegen molens 1 en 4 van de latere groep van 5. De afvoer van duinwater was echter zo groot, dat al spoedig bleek dat twee molens voor de Uitgeesterbroek in ieder geval onvoldoende waren.

​

In 1631 werd er een ‘derden achtcanten waetermoolen’ bijgebouwd. Blijkens een kaart uit 1637 was dit molen nr 2. Ook de toen al bestaande molens waren van dit type. In 1647 kwamen er plannen op tafel om er nog twee molens bij te bouwen. De molens nummer 3 en 5 moeten dus in of kort na 1654 zijn gebouwd.

Zo’n dertig jaar later werd het door de molens bemalen gebied vergroot met de aangrenzende polder Heemskerker Zuidbroek. De Zuidbroek had voorheen een eigen molen die, waarschijnlijk via een voorboezem en een sluis in de Sint Aagtendijk, uitmaalde op de Kil, het overblijfsel van de Krommenije. Nadat deze molen in 1682 verbrandde werd de lozing op de Heemskerker Noordbroek, waarvoor al in 1675 een overeenkomst was gesloten, een definitieve zaak. In 1800 bleek een van de molens aan groot herstel toe, maar met het voorstel om hem maar buiten dienst te stellenkon een meerderheid zich niet verenigen. Anders was dat in 1805.

​

Op 12 juni van dat jaar verbrandde molen nummer 5 en ondanks veel verzet werd besloten deze niet meer te herbouwen. In 1856 verbrandde molen nummer 1, die nog met een scheprad was uitgerust en waarschijnlijk van 1586 dateerde. Op de plaats van deze molen werd in het daarop volgende jaar een nieuwe achtkante vijzelmolen gebouwd naar ontwerp van Aart van Lith, molenmaker van de polder. Molen nr. 2, de huidige molen, die vermoedelijk in 1631 is gebouwd, werd in 1866 vervijzeld.

In 1874 werd besloten de bemaling te versterken met een stoomgemaal dat op de oude schutsluis aan het begin van de Lagedijk werd gebouwd. Het gemaal, dat werd uitgerust met twee vijzels, kwam nog in datzelfde jaar gereed, waarna in 1876 de molens nummer 3 en 4 konden worden afgebroken. De beide overgebleven molens bleven in bedrijf, tot in 1925 het gemaal werd geëlektrificeerd en de vijzels ervan vervangen werden door pompen. Het definitieve besluit tot buiten gebruikstelling viel op 3 februari 1926.

Molen nummer 1 werd op 11 april 1929 voor afbraak verkocht voor f 1540,-, vervolgens onttakeld en in 1930 geheel afgebroken. Molen nummer 2 werd op 11 januari 1930 verkocht aan de oud-molenaar C. Deijie, die de molen vanaf 1916 had bemalen. De gaande werken ervan zijn daarna verwijderd en de waterlopen gedicht. Sinds 1967 is de molen als zomer- en weekendverblijf in gebruik. Ouke Baas wordt de nieuwe eigenaar. Cor Deylen mag er tot zijn dood (18 maart 1967) blijven wonen. Hij is in 1975 draaivaardig gemaakt en wordt sindsdien weer af en toe in werking gesteld. In dat jaar is ook de brug in de Lagedijk, waar de molen daar uitmaalde op het Alkmaardermeer, na vele jaren gedicht te zijn geweest opengemaakt en hersteld. In 1986 koopt Niels Daan de molen en laat hem  maalvaardig restaureren. In 1997 wordt De Tweede Broeker eigendom van de familie Van Eerden en wordt weer regelmatig in bedrijf gesteld.